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| 內容簡介： |
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阿拉善双峰驼基因组学研究一书重点介绍了阿拉善双峰驼饲养特点，从阿拉善双峰驼基因组和宏基因组不同的研究方法角度，分析阿拉善双峰驼*基因组和第二基因组的特点，为实现阿拉善双峰驼遗传资源的开发提供理论指导。
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| 關於作者： |
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吴慧光，男，1980年生，博士，现美国俄亥俄州立大学博士后，主要从事阿拉善双峰驼基因组学研究。主持国家级项目1项，省级项目2项，校级项目2项，参加项目多项。发表论文多篇，其中第一作者发表《NatureCommunication》1篇。获得市级奖励2项，校级奖励2项。
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| 目錄：
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第1章引言
11研究背景和意义
12国内外研究进展
121骆驼科动物的进化
122现存骆驼科动物的生物学特性
123生物信息学及其发展历史
124基因组测序技术
13研究内容
第2章骆驼科动物全基因组序列的测序与组装
21材料与方法
211试验材料
212DNA提取及检测
213基因组测序
214测序数据过滤
215K-mer分析估计基因组大小
216小片段数据纠错
217骆驼科动物基因组的组装
218骆驼科动物基因组的测序效果评价
22 结果与分析
221DNA样品检测结果
222基因组测序结果
223测序数据过滤结果
224K-mer分析估计基因组大小的结果
225小片段数据纠错的结果
2263个骆驼科动物基因组的组装结果
2273个骆驼科动物基因组的组装后基因组分析
23讨论
231测序物种的选择
232测序平台与策略
233基因组大小的估计
234基因组的组装指标
24本章小结
第3章骆驼科动物的基因组注释
31材料与方法
311试验材料
312重复序列注释
313基因预测
314功能注释
315ncRNA注释
316基因集评估
317直系同源关系分析
32结果与分析
321重复序列注释统计结果
322基因预测统计结果
323功能注释统计结果
324ncRNA注释统计结果
325基因集评估统计结果
326直系同源关系分析结果
33讨论
331骆驼科动物基因组重复序列的注释
332骆驼科动物基因组基因结构的预测
333骆驼科动物基因组基因功能和非编码RNA的注释
34本章小结
第4章骆驼科动物基因组进化分析
41材料与方法
411试验材料
412共线性鉴定
413片段复制分析
414基因家族聚类分析
415物种进化树的构建
416物种分歧时间的计算
417分支特异性KaKs率计算
418SNP判读和分布比较分析
419群体历史重建
42结果与分析
421共线性鉴定结果
422片段复制分析结果
423基因家族聚类分析结果
424物种进化树的构建结果
425物种分歧时间的计算结果
426分支特异性KaKs率计算结果
427SNP判读和分布比较分析结果
428群体历史重建结果
43讨论
431骆驼科动物基因组的共线性与片段复制
432骆驼科动物进化关系和分歧时间推算
433骆驼科动物的选择压力
434骆驼科动物的群体历史规模的变化
44本章小结
第5章骆驼沙漠适应性的比较基因组学分析
51材料与方法
511试验材料
512基因家族收缩扩张分析
513正选择分析
514包含特异氨基酸变异的蛋白筛查
515基因获得和缺失
516快速进化
52结果与分析
521基因家族收缩扩张分析结果
522正选择分析结果
523包含特异氨基酸变异的蛋白筛查结果
524基因获得和缺失结果
525快速进化基因结果
53讨论
531骆驼能量代谢
532骆驼应激能力
533骆驼对沙尘和日照的适应性
534骆驼对缺水的适应性
54本章小结
第6章双峰驼肾脏的转录组分析
61材料与方法
611试验材料及试验处理
612RNA提取及检测
613RNA样品处理与测序
614转录组数据过滤
615基因表达水平计算
616差异表达基因筛选
617差异表达基因的GO功能显著性富集分析
618差异表达基因的通路显著性富集分析
62结果与分析
621RNA提取检测结果
622转录组测序的碱基组成和碱基质量分析结果
623双峰驼肾脏转录组基本分析结果
624双峰驼肾脏转录组基因表达注释结果
625双峰驼肾脏转录组基因差异表达分析结果
626双峰驼肾脏转录组差异表达基因的GO分析结果
627双峰驼肾脏转录组差异表达基因的通路富集分析结果
63讨论
631骆驼肾脏钠重吸收相关基因的转录特点
632骆驼肾脏水孔蛋白基因家族转录特点
633骆驼肾脏的高渗调节特点
634骆驼肾髓质有机适应性渗透物的调节
635骆驼肾髓质的渗透调节与血糖
636骆驼肾髓质的渗透保护
64本章小结
第7章全书总结
71全书结论
72研究创新点
73有待进一步研究的内容
731基因组组装版本的更新
732基因组注释工作的完善
733骆驼科动物进化基因的研究
734骆驼肾脏生理的分子和细胞学研究
缩略词表
附录
参考文献
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| 內容試閱：
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前言
骆驼是大型的沙漠适应性哺乳动物，在干旱地区的畜牧业经济中占有重要地位。骆驼基因组上保存有抗逆相关的优良遗传资源，有着极其重要的科研和育种价值。目前世界上已经形成了以优秀的物种资源为研究基础，以功能基因开发利用为技术核心，以培育优良品种为高利润产品的生物产业模式。基因组测序技术的进步和测序成本的降低为人们获得物种的全基因组序列提供了条件。开展动物基因组学研究，揭示动物之间的进化关系，发掘动物优异基因资源，实施分子育种已经成为目前动物科学及畜牧业的重要研究前沿领域。
本书共分7个章节，包括国内外研究现状，骆驼科动物全基因组序列的测序与组装，骆驼科动物基因组的注释，骆驼科动物基因组的进化分析，骆驼沙漠适应性的比较基因组学分析，双峰驼肾脏的转录组学分析等内容。全面系统地介绍了阿拉善双峰驼、阿拉伯单峰驼和羊驼三个骆驼科动物的基因组测序组装结果和基因注释结果；从分歧的遗传原因、分歧时间和种群历史变化三个方面系统地揭示了这三个骆驼科动物的进化史；证实了骆驼科动物通过其特有的加速进化以适应干旱、高原等不利的环境。揭示了长期限水条件下，骆驼低能量消费的经济模式以及骆驼肾脏在水分保持上进化出的特殊补偿机制。对双峰驼、单峰驼和羊驼进行全基因组测序、组装、注释和进化研究，为揭示骆驼科动物的进化历史及骆驼的沙漠适应性，开发骆驼优秀种质资源奠定基础。
本书由国家自然科学基因项目31402106，31660648、内蒙古自治区高等学校科学研究项目NJZC16189 以及内蒙古民族大学博士科研启动基金（BS364）资助。
由于作者水平有限，书中疏漏或不妥之处在所难免，恳请同行和读者批评指正。
著者201811
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